Agnete har arbejdet på sygehus frem til 2004, de sidste 3 år som overlæge på Glostrup sygehus.

I 2004 købte hun speciallægepraksis i gynækologi i Hillerød og har arbejdet der siden. Hun har en bred basisuddannelse i gynækologi, med særlig interesse for ultralydscanning, celleforandringer, blødningsforstyrrelser, overgangsalder og smerteproblematik.

Ud over det kliniske arbejde har Agnete en bred undervisningserfaring og har afholdt mange kurser især om ultralydscanning.

Hun har medvirket til udarbejdelse af flere nationale behandlingsvejledninger.