Flemming Pedersen uddannet speciallæge i kardiologi. Han har stor erfaring inden for det kardiologiske område efter ansættelser og uddannelse ved bl.a. Rigshospitalet og Gentofte Hospital. Han har siden 1993 været overlæge på Hillerød Hospital heraf i en række år som administrerende overlæge med ansvar for ledelse og faglig udvikling.